Để đảm bảo cho quá trình khởi động diễn ra chính xác, các thư mục /dev, /bin, /sbin, /etc và /lib bắt buộc phải là thư mục con của “/” và không thể là ánh xạ của bất kỳ phân vùng nào khác.
Sau đây là một số thư mục cơ sở và giải thích ngắn gọn ý nghĩa của chúng:
/bin và /sbin Chứa những file cần thiết cho quá trình khởi động và những lệnh thiết yếu để duy trì
hệ thống.
/dev Chứa các định danh ánh xạ của thiết bị hoặc những file đặc biệt.
/etc Chứa các file cấu hình của hệ thống và nhiều chương trình tiện ích.
/lib Chứa các thư viện dùng chung cho các lệnh nằm trong /bin và /sbin. Và thư mục này
cũng chứa các module của nhân.
/mnt hoặc /media Mount point mặc định cho những hệ thống file kết nối bên ngoài.
/proc Lưu các thông tin của nhân, chỉ có thể ghi được nội dung trong thư mục /proc/sys.
/boot Chứa nhân Linux để khởi động và các file system maps cũng như các file khởi động
giai đoạn hai.
/home (tùy chọn) Thư mục dành cho người dùng khác root. Thông tin khởi tạo thư mục mặc định của
người dùng được đặt trong /etc/skel/
/root (tùy chọn) Thư mục mặc định của người dùng root.
/tmp Thư mục chứa các file tạm thời.
/usr Thư mục chứa những file cố định hoặc quan trọng để phục vụ tất cả người dùng.
/usr/local hoặc /opt (tùy chọn) Thư mục chứa các phần mềm cài thêm.
/var/www, /var/ftp/ hoặc /srv (Suse) Thư mục chứa thông tin của các dịnh vụ WEB hay FTP.
/var Thư mục chứa các thông tin hay thay đổi như: spool và log